別名「神話之鳥」的黑嘴端鳳頭燕鷗，在鳥類的分類上屬鷗科，在鷗科鳥類中出現的紀錄及 數量都十分稀少。民國89年6月，生態攝影師梁皆得受連江縣政府委託，進入馬祖燕鷗保護區進行燕鷗的生態紀錄，在一群大鳳頭燕鷗中意外發現了8隻黑嘴端鳳頭燕鷗，自一百多年前命名以來，黑嘴端鳳頭燕鷗的生態，首次呈現在世人的眼前。格外珍貴的是，這一次的發現不僅提供了神話之鳥的影像紀錄，還拍攝到這批嬌客在燕鷗保護區內，覓食、繁殖及撫育雛鳥的畫面。 黑嘴端鳳頭燕鷗體長約36公分，每年夏季出現在中國大陸一帶沿海的島嶼、河口，馬祖的發現紀錄多半集中在燕鷗保護區內的無人島礁上，由於牠們常與外型相似的大鳳頭燕鷗混雜而居，在辨別上頗費工夫，兩者最大的差異在於黑嘴端鳳頭燕鷗的體型稍小，喙尖為黑色，而大鳳頭燕鷗喙部皆為橘黃色。 目前黑嘴端鳳頭燕鷗在生態保育人士的關注下，無論在馬祖的燕鷗保護區或大陸沿海的河口溼地，都陸續有發現紀錄，族群穩定成長，每年6月，固定來到馬祖附近海域的無人島礁，繁衍後代。

鳳頭燕鷗別名大鳳頭燕鷗，體長可達45公分，算是燕鷗家族中體型較大的種類，牠最顯著的 特徵就屬亮黃的喙及頭上的黑色冠羽，每年4月下旬牠們便成群飛到馬祖的無人島礁，為繁衍後代而作準備，6月起求偶的儀式開始進行，7月幼雛陸續孵育，8月雛鳥長成，9月起便紛紛飛返熱帶海域。根據調查，鳳頭燕鷗在馬祖的繁殖地，集中在北竿鄉周圍的無人島礁，主要分布在中島、鐵尖、白廟等地，性喜相鄰築巢，成群繁殖，每窩下一顆卵。 近距離觀察鳳頭燕鷗，常見牠們為保護牠們的蛋或雛鳥與鄰近成鳥相互爭鬥，景象十分熱鬧。鳳頭燕鷗雖在台灣各地也陸續發現牠們的蹤跡，然而從未有在台灣本島繁殖的紀錄，馬祖的鳳頭燕鷗可能是這種鳥類繁殖地的最北限，在生態學上的意義格外重大。

蒼燕鷗又名黑枕燕鷗，體長約30公分，在鷗科鳥類中算是中型海鳥，在馬祖燕鷗保護區中算是較為常見的夏候鳥，在馬祖四鄉五島的無人島礁皆有其蹤跡。蒼燕鷗最顯著的特徵，就是眼後連結到後頸的黑羽，看來像是綁了一條黑色頭巾，也因此別名為黑枕燕鷗。每年春末，蒼燕鷗陸續飛抵馬祖的無人島礁，6月便開始進行求偶、繁殖，7月底幼鳥成熟，8月下旬，親鳥和幼鳥陸續飛離，返回南方海域。 蒼燕鷗食性單純，多以海面表層的小魚為食，在馬祖沿海，常可看到牠們在海面上穿梭，於海面上覓食的身影，賞鳥人士可憑簡單光學望遠設備，觀察到牠們翱翔天際的優美姿態。

紅燕鷗別名粉紅燕鷗，體長約31公分，偏向紅色的嘴喙及雙腳，是牠們最明顯的特徵，一如其餘出現於馬祖的鷗科鳥類，紅燕鷗同樣也是夏候鳥，5月飛抵馬祖，8月底完成繁殖任務後，飛返南方海域。民國86年夏季，北竿鄉的鐵尖島曾有多達三千隻的紅燕鷗在島上繁殖，而後因不明因素，族群大量減少，近年來僅有零星發現的紀錄。